O Conselho Universitário (CONSUNI) é o órgão máximo de função normativa, deliberativa, de planejamento e de recurso da Universidade e se reúne ordinariamente uma vez a cada três meses e, ainda, em sessões extraordinárias, quando necessário.

O CONSUNI tem como função estabelecer as diretrizes acadêmicas e administrativas da universidade e supervisionar sua execução. Assim, é de sua competência promover o processo de escolha do Reitor(a) e do Vice-Reitor(a), aprovar o Plano de Gestão de cada reitorado, aprovar o Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI) da Universidade, a criação, modificação, extinção e estrutura interna das unidades acadêmicas, dos órgãos administrativos e suplementares da Universidade e demais órgãos que venham a ser criados.

São também funções deste conselho estabelecer as condições gerais de criação e funcionamento dos Núcleos de Estudos, Pesquisa e Extensão, aprovar os convênios e contratos da UFJ com instituições de direito público ou privado, na forma prevista na legislação superior, aprovar a proposta orçamentária da Universidade, em sessão conjunta com os Conselhos de Ensino, Pesquisa, Extensão e Cultura e de Curadores e estabelecer as normas para a distribuição de recursos financeiros da Universidade, aprovar a outorga de distinções universitárias, autorizar, na forma da lei, a alienação e oneração de bens patrimoniais imóveis, bem como a aceitação de legados e doações feitas à UFJ.

Deve, ainda, aprovar as normas disciplinadoras relativas aos servidores docentes e técnico-administrativos da Universidade, podendo avocar, justificadamente, o exame e a deliberação sobre qualquer matéria de interesse da Universidade.

Através da Resolução CONSUNI nº 02/2020 esse Conselho assumiu também as competências do Conselho Gestor da Regional Goiânia, considerando dentre outras questões, que as Regionais Catalão e Jataí deixaram de existir, pela criação das Universidades Federais de Catalão (UFCAT) e Universidade Federal de Jataí (UFJ).

O Conselho Universitário da Universidade Federal de Jataí é composto:

I – o Reitor, como Presidente, com direito apenas a voto de qualidade;

II – o Vice-Reitor e os Pró-Reitores;

III – os Diretores de Unidades Acadêmicas e Chefes das Unidades Acadêmicas Especiais;

IV – um representante dos Diretores dos Órgãos Suplementares da Universidade, eleito por seus pares;

V – um representante dos Diretores dos Órgãos Administrativos da Universidade, eleito por seus pares;

VI – um representante do Conselho de Integração Universidade-Sociedade, que não pertença à UFJ, escolhido entre os seus membros, conforme as normas estabelecidas no Estatuto da Universidade Federal de Goiás;

VII – representantes dos docentes que compõem o quadro efetivo da UFJ, eleitos por seus pares, conforme as normas estabelecidas no Estatuto da Universidade Federal de Goiás;

VIII – representantes dos técnico-administrativos em educação que compõem o quadro efetivo da UFJ, eleitos por seus pares, conforme as normas estabelecidas no Estatuto da Universidade Federal de Goiás;

IX – representantes estudantis, eleitos por seus pares.